Tyreoidální autoprotilátky významně ovlivňují funkci štítné žlázy. Jsou vylučovány vlastním imunitním systémem organismu jako sekundární odpověď na poškození buněk štítné žlázy. Jsou zvýšené u autoimunitních onemocnění štítné žlázy, jako jsou Gravesova-Basedowova choroba (G-B), lymfocytická tyreoitida (typ Hashimoto a primární myxedém), poporodní tyreoitida a další.